Basilica Inferiore

L'interno della Basilica inferiore, notevole esempio di gotico italiano ancora pervaso di gravità romanica, è diviso in cinque campate da basse arcate a tutto sesto sostenute da tozzi pilastri. La prima campata, aggiunta posteriormente ed estesa ai lati nord e sud mediante altre due campate, forma il transetto d'ingresso, un nartece lungo oltre 40 metri che presenta sulle pareti, oltre a vari affreschi seicenteschi e a qualche lacerto della primitiva decorazione pittorica, varie lapidi commemorative e alcuni monumenti funebri. La navata, coperta di volte a crociera scandite da costoloni recanti una bellissima ornamentazione floreale e geometrica, conserva alle pareti i resti frammentari della primitiva decorazione murale, eseguita intorno al 1260 da un pittore umbro nota come Maestro di San Francesco. A metà della navata si aprono lateralmente nel pavimento due scalette che conducono alla Cripta sotterranea, ove nel 1818, con I'autorizzazione di Pio VII, furono ricomposte le spoglie mortali del santo, qui deposte da frate Elia ma occultate per secoli sotto alcune lastre di travertino.
Due scale addossate ai transetti immettono nel chiostro di Sisto IV e da qui il visitatore può salire direttamente all'abside della Chiesa superiore proseguendo il suo itinerario d'arte e di devozione.

Le opere più significative

Cappella di San Martino
La prima cappella della parete sud è dedicata a san Martino ed è decorata sulle pareti e sull'arcone della volta con Storie di san Martino di Tours affrescate nel secondo decennio del Trecento da Simone Martini. L'arco d'ingresso mostra otto Santi a figura intera, mentre altri Santi figurano negli sguanci delle finestre.

La cappella della Maddalena

L'ultima cappella prospiciente la parete nord della navata, dedicata a Maria Maddalena, fu affrescata da Giotto e dalla sua bottega nel 1307-1308 su commissione di Teobaldo Pantano, vescovo di Assisi dal 1296 al 1329. II ciclo comprende sette Storie della Maddalena e immagini di Santi, Sante e Angeli.

Transetto meridionale

L’intero transetto sud vide il coinvolgimento di Pietro Lorenzetti, il quale ne decorò le pareti con un manto di intonaco dipinto fino alla quota del pavimento, senza evidenti interruzioni.

Transetto settentrionale

Il transetto nord è costituito da diversi affreschi elaborati dalla Bottega di Giotto, Simone Martini, e Cimabue.

Navata centrale

Affrescata dal Maestro di san Francesco. Suddivisa in tre campate scandite da pilastri e costoloni, la navata presenta una serie di cappelle, due prospicienti la parete sud (da est, cappella di san Martino e cappella di san Pietro d' Alcantara) e tre aperte lungo la parete nord e dedicate rispettivamente, sempre da est, ai santi Stefano, Antonio da Padova e Maria Maddalena. L'apertura delle cappelle ha distrutto parte dell'esteso ciclo pittorico delle pareti laterali, realizzato dal cosiddetto Maestro di San Francesco, intorno al 1260, con cinque Storie di san Francesco, sulla parete sud, e altrettante Storie della Passione di Cristo, su quella nord.

L’abside

Nell' abside che conclude sul lato ovest il presbiterio della Basilica Inferiore si trova II Giudizio Finale di Cesare Sermei, un grande affresco commissionato nel 1622 dai francescani.

Basilica Inferiore. Navata. Parete settentrionale. Prima campata da est. Maestro di san Francesco. Storie della Passione di Cristo (1260 ca). Cristo si spoglia delle vesti.	Basilica Inferiore. Cappelle Meridionali. Cappella di san Martino. Simone Martini (1284ca-1344). Storie di san Martino di Tours (secondo decennio del sec. XIV). San Martino divide il suo mantello con un povero.	Basilica Inferiore. Abside. Cesare Sermei (1581- 1668) Il Giudizio Finale (1623), particolare.	Basilica Inferiore. Transetto settentrionale. Cimabue (Cenni di Pepo, detto, 1240 ca-1301/1302) Madonna col Bambino, Angeli e san Francesco.	Basilica Inferiore. Navata. Parete meridionale. Prima campata da est. La cappella di san Martino.
Basilica Inferiore. Cappelle settentrionali. Cappella della Maddalena. La parete sud.	Basilica Inferiore. Cappelle settentrionali. Cappella della Maddalena. La parete sud. Giotto (1267?-1337) e bottega. La Maddalena riceve una veste dall’eremita	Basilica Inferiore. Veduta transetto sud. Pietro Lorenzetti (doc. 1305- 1345). Storie della Passione.	Basilica Inferiore. Pietro Lorenzetti. Trittico. Madonna col bambino tra san Francesco e san Giovanni Evangelista.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.

Basilica Superiore

L'interno della chiesa, fasciato da un ballatoio che corre sotto i pilastri e illuminato da ampie vetrate, presenta una pianta a croce latina, con navata unica divisa in quattro campate coperte da volte a crociera, un transetto a due bracci e un'abside poligonale. Il programma decorativo ha inizio nel presbiterio ma al visitatore proveniente dalla piazza, varcato il portale d'ingresso, appare subito alla vista la maestosa decorazione ad affresco della navata, che riprende, ampliandolo, il tema, già trattato nella Chiesa inferiore, della perfetta corrispondenza tra la vita di Francesco e le Sacre Scritture.
Le opere più significative:

La navata

La Basilica superiore presenta una pianta a T, con una grande navata a quattro campate chiusa da un transetto e da un'abside poligonale. I due registri superiori della parete nord sona affrescati con Storie dell'Antico Testamento, quelli della parete sud e della controfacciata con Storie del Nuovo Testamento, il registro inferiore nord e sud con Storie di san Francesco.

Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.
Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.	Basilica Inferiore. Il transetto settentrionale da sud.